دانشگاه اردکان با موافقت شورای گسترش آموزش عالی در جلسه مورخ ۱۳۸۸/۰۳/۰۹ با عنوان مرکز آموزش عالی اردکان تأسیس و در نیمسال اول سال تحصیلی ۸۹–۱۳۸۸ با پذیرش دانشجو در دو رشته روانشناسی عمومی و راهنمایی و مشاوره در مقطع کارشناسی رسماً آغاز به کار نمود. سپس در تاریخ ۱۳۸۹/۱۰/۱۸ بر اساس مصوبه شورای گسترش با ادغام دانشکده منابع طبیعی دانشگاه یزد در مرکز آموزش عالی اردکان، این مرکز به مجتمع آموزش عالی اردکان ارتقاء یافت و در نهایت در جلسه ۱۳۹۱/۱۲/۱۲ شورای گسترش آموزش عالی به دانشگاه اردکان ارتقاء یافت. در حال حاضر حدود ۲۵۰۰ دانشجو در مقاطع کاردانی، کارشناسی ناپیوسته، کارشناسی و کارشناسی ارشد در دانشکدههای زیر مشغول به تحصیل میباشند:
دانشکده علوم انسانی و اجتماعی
رشتههای کارشناسی
فقه و مبانی حقوق اسلامی، مدیرت دولتی، معارف اسلامی، مطالعات خانواده
کارشناسی ارشد
اقتصاد، روانشناسی، علوم ورزشی، مشاوره
دانشکده فنی و مهندسی
رشتههای کارشناسی
مهندسی برق، مهندسی مکانیک، مهندسی کامپیوتر مهندسی صنایع، مهندسی عمران، مهندسی شیمی و علوم مهندسی
رشتههای کارشناسی ارشد
مهندسی مکانیک، مهندسی صنایع، مهندسی شیمی و مهندسی برق
دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی
رشتههای کارشناسی
کارشناسی ارشد
مهندسی اقتصاد کشاورزی، مهندسی طبیعت، علوم و مهندسی آب، علوم و مهندسی باغبانی و علوم و مهندسی محیط زیست
آموزشکده پیرادامپزشکی
رشتههای کاردانی
دامپزشکی
رشتههای کارشناسی
علوم آزمایشگاهی پیوسته و علوم آزمایشگاهی کارشناسی ناپیوسته
رشتههای کارشناسی ارشد
بهداشت مواد غذائی و کنترل کیفی کارشناسی ارشد ناپیوسته و زیستشناسی جانوری و کارشناسی ارشد ناپیوسته